Перец халапеньо является одним из основных ингредиентов кухни Мексики. Наиболее популярным и известным блюдом этой местности является «начос» - фаршированные мясом плоды перца. Кроме этого этот овощ используют для приготовления различных закусок, специй и соусов. Также перец халапеньо является ингредиентом для первых блюд, салатов и рагу.